秦王发怒，对尉迟恭说：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗！”
他摘下佩刀交给尉迟恭道：“明公前去察看一下情况，如果他们果真没有回来的意思，可砍下他们头回来见我。”
尉迟恭前去，与长孙无忌一起明示房玄龄等人说：“大王已经将行动的计划决定下来了，众位明公应该速去秦王府中共议大事。我们四个人不能在街道上同行。”
于是命令房玄龄和杜如晦穿上道士的服装，与长孙无忌一同进入秦王府，尉迟恭则经由别的道路也来到了秦王府。
六月初三己未日，太白金星再次在白天出现在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”
高祖将傅奕的密奏给秦王看，于是这样，秦王乘机秘密上奏父皇，告发李建成和李元吉与后宫的嫔妃淫乱，而且说：“儿臣丝毫没有对不起皇兄和皇弟，现在他们却打算杀死儿臣，这简直就像要替王世充和窦建德报仇。如今我快要含冤而死，永远地离开父皇，魂魄归于黄泉，如果见到王世充诸贼，实在感到羞耻！”
高祖望着秦王，惊讶不已，回答道：“明天朕就审问此事，你应该及早前来参见朕。”
张婕妤暗中得知了秦王密奏的大意，急忙告诉李建成。李建成将李元吉召来商议此事，李元吉说：“我们应当管好东宫和齐王府中的士兵，托称有病不去上朝，以便观察形势。”
李建成道：“宫中的军队防备已很严密了，我与皇弟应当入朝参见，亲自打听消息。”
于是二人决定先入大内皇宫逼高祖表态。不料在宫城北门玄武门执行禁卫总领常何本是太子亲信，却被秦王策反，因此宫中卫队已经倒向秦王，李建成和李元吉却不知道，还以为宫中都还是自己人。
六月初四庚申日，秦王亲自率领长孙无忌、尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。
李建成、李元吉二人不知底细，也一起入朝，骑马奔向玄武门。此时，高祖已经将裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴矩等人召集前来，准备查验这件事情了。
李建成、李元吉来到临湖殿，察觉到了变化，立即掉转马头，准备向东返回东宫和齐王府。秦王跟在后面呼唤他们，李元吉心虚，先张弓搭箭射向秦王，但由于心急，一连两三次都没有将弓拉满，箭没有射中。秦王却搭弓射向建成，将他射死了。
尉迟恭随即带领骑兵七十人相继赶到，他身边的将士用箭射中了李元吉，使其跌下马来。可就在此时，秦王的坐骑受到了惊吓，带着世民奔入玄武门旁边的树林，又被林中的树枝挂住，从马上摔下，倒在地上，一时爬不起来。
李元吉迅速赶到，夺过弓来，准备勒死秦王，就在这时尉迟恭跃马奔来大声喝住了他。李元吉知道不是对手，赶紧放开秦王，想快步跑入武德殿寻求高祖皇帝的庇护，但尉迟恭快马追上他，放箭将他射死了。
太子李建成的部下、翊卫车骑将军冯立得知李建成身死，叹息道：“难道能够在太子生前蒙受恩惠，而太子一死便逃避祸难吗！”
于是，他与副护军薛万彻、屈直府左车骑谢叔方率领东宫和齐王府的精锐兵马两千人，急驰赶到玄武门，准备为太子和齐王报仇。张公谨膂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。云麾将军敬君弘掌管着宿卫军，驻扎在玄武门。他挺身而起，准备出战，与他亲近的人阻止他说：“事情未见分晓，姑且慢慢观察事态的发展变化，等到兵力汇集起来，结成阵列再出战，也为时不晚。”
敬君弘不听从，便与中郎将吕世衡大声呼喊着向敌阵冲去，结果全部战死。把守玄武门的士兵与薛万彻等人奋力交战，持续了很长时间，薛万彻擂鼓呐喊，准备进攻秦王府，将士们大为恐惧。
此时，尉迟恭提着李建成和李元吉的首级给薛万彻等人看，东宫和齐王府的人马顿失战心，迅速溃散，薛万彻与骑兵数十人则逃入终南山中。
冯立杀死敬君弘后，对部下说：“这也可以略微报答太子殿下了。”于是，他丢掉兵器，落荒而逃。至此，政变以秦王的胜利而告终。
当然，这些都是历史的记载，但历史上真正曾发生了什么，谁都不知道，后世也曾有不少专家学者跳出来，为李建成翻案，但是无论如何，人们更多还只是记住了，玄武门的胜利者太宗皇帝，随后开场了华夏历史上最为辉煌的贞观盛世，以及在这里曾经死过一位太子和一位亲王。
在其后，贞观二十三年，侯君集欲与晋王李治谋反，结果并未至玄武门，便被杜睿给扑灭了，如今时间有跨过了十年，关乎着大唐江山社稷，和华夏气运的大事，又将在这里展开。
此刻驻扎在玄武门的正是左屯卫军的一部人马，统领便是化名田魁的山田魁。
天草四郎和山田魁一到，便迅速吩咐了身旁新选组的人，接管了防卫，那些兵卒不明所以，但是见上官到此，也不敢多言。
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